По умолчанию Netbeans использует кодировку системы. Для Win это windows-1251.
Для изменения кодировки по умолчанию в файле etc/netbeans.conf добавляем в параметр netbeans_default_options значение -J-Dfile.encoding=UTF-8
Например:
netbeans_default_options="-J-client -J-Xss2m -J-Xms32m -J-XX:PermSize=32m -J-Dapple.laf.useScreenMenuBar=true -J-Dapple.awt.graphics.UseQuartz=true -J-Dsun.java2d.noddraw=true -J-Dsun.zip.disableMemoryMapping=true -J-Dfile.encoding=UTF-8"
Для изменения кодировки по умолчанию в файле etc/netbeans.conf добавляем в параметр netbeans_default_options значение -J-Dfile.encoding=UTF-8
Например:
netbeans_default_options="-J-client -J-Xss2m -J-Xms32m -J-XX:PermSize=32m -J-Dapple.laf.useScreenMenuBar=true -J-Dapple.awt.graphics.UseQuartz=true -J-Dsun.java2d.noddraw=true -J-Dsun.zip.disableMemoryMapping=true -J-Dfile.encoding=UTF-8"